本校原創立於民國三十五年四月,名為澎湖縣立西嶼初級中學,顏榮華先生為首任校長,翌年由徐東齊先生接篆。民國三十八年秋,省令併入省立馬公中學,迨五十二年六月,設置縣立白沙初級中學西嶼分部,復於五十七年元月十五日,奉准獨立設校恢復原名為澎湖縣立西嶼初級中學,並派柯松濤先生為校長,同年九月實施九年教乃改制為澎湖縣立西嶼國民中學。

    六十四年四月十七日,柯校長奉命調派為嘉義縣過溝國中校長,並派梁宗禮先生接任本校校長。六十八年四月十三日梁校長奉命調任臺南縣將軍國中校長,省府並派陳耀明先生接任。七十五年二月,陳校長奉令派為澎湖縣澎南國中校長,省府派任林亨華先生接掌校長。七十九年二月,林校長奉令調派澎湖縣湖西國中,省府派任徐銘哲先生 接掌校務。八十一年三月,徐校長奉令調派為嘉義縣鹿草國中校長,省府派鄭添籠先生接掌校務。 九十五年二月鄭添籠先生退休,縣府派黃如禮主任代理校長。九十五年八月一日縣府調派夏才能先生接掌校務。一百年八月夏校長調任湖西國中,縣府派林清茶女士接掌校務。一百零四年八月林校長調任澎南國中,縣府派顏文志校長到任。

    顏校長到任以來, 本著全人教育、溫馨校園、終身學習、知識管理四個辦學理念,力求建構多元學習的環境;推動校園文化、塑造學校新形象;以孩子學習為核心價值,營造學習型組織,促進資源共享的學習環境。